O INSA foi fundado em 29/01/1895 e pertence à Inspetoria Santa Catarina de Sena, das FMA − Filhas de Maria Auxiliadora, responsável por dez colégios e inúmeras obras sociais no Estado de São Paulo.
    O terreno onde funciona o Colégio foi doado pelo Barão de Araras, Bento de Lacerda Guimarães, que, conhecendo o trabalho educacional das irmãs salesianas, confiou-lhes o terreno que havia sido inicialmente destinado à construção de um hospital. Foi o primeiro estabelecimento de Ensino em toda a redondeza.
    De início, teve apenas o Curso Elementar, em regime de internato e externato, recebendo alunas internas não só da região como dos Estados de Minas e Goiás.
    Em 1956, foi aberta a Escola Industrial Nossa Senhora Auxiliadora. Em 1966, optou pelo Sistema Federal, passando de Ginásio Industrial a Secundário. O Curso de Formação de Professores funcionou de 1964 a 1969, quando por motivo de força maior, foram obrigadas a permanecer apenas com os Cursos Primário e Secundário. Em 1971 foi reaberto o primeiro Colegial Básico.
    Em 1972, de acordo com o Plano de Implantação da Reforma da Lei 5692, começou a funcionar o Curso Profissionalizante de Química Industrial, no período da manhã. Em 1973, esse mesmo Curso passou a funcionar à noite, abrindo-se ainda o Curso de Agrimensura. Os Cursos de Química Industrial e Agrimensura dão ao aluno uma definição profissional, além de preparar para o ingresso no grau universitário. Em 1974, o Curso Supletivo de 1º Grau veio atender ainda mais às necessidades do povo ararense. Funcionaram ainda no INSA os cursos de Técnico em Secretariado e Técnico em Edificações.
    Em 1987, por estarem se mudando para São Paulo, as irmãs passaram a direção do Colégio a um grupo leigo, composto de três professores que passaram a atuar na parte financeira, pedagógica e geral.
    Hoje atende alunos da Educação Infantil, Ensino Fundamental e Ensino Médio.
    Nesses mais de 100 anos de existência, a Instituição teve tempo de se solidificar, bem como criar as raízes necessárias para se fincar em solo ararense e gerar os mais belos frutos.
    Procurando sempre acompanhar o crescimento da cidade e podendo contar em todas as épocas com a população ararense, o Colégio se expandiu e hoje, faz questão de manter a mesma filosofia salesiana de sua fundação.
    A partir de 2005, o INSA oferece para seus alunos, pais e comunidade ararense um teatro, o "Espaço Cultural Auxiliadora", com capacidade para 425 pessoas.